Originariamente fue una sencilla ermita del siglo XIII donde se rendía culto a la milagrosa imagen de "Santa María de la Peña". Según la tradición popular, la Virgen la encontraron unos pastores. Cuando el cura y los vecinos de Congosto quisieron trasladarla al pueblo, la imagen desapareció y reapareció en el lugar donde había sido encontrada, por lo que decidieron construirle una ermita en ese lugar, a 170 m. de altura sobre el pueblo de Congosto.
Como Congosto estaba en el antiguo Camino de Santiago, en el siglo XVI, se convirtió en un gran santuario que albergaba incluso un convento. En el siglo XVIII se convirtió en una hospedería dedicada a niños expósitos (que adoptaban el apellido De la Peña) y a los peregrinos del Camino de Santiago.
Asaltado por las tropas napoleónicas y posteriormente exclaustrado por la desamortización de Mendizabal en el siglo XIX, e incendiado en 1936, fue reconstruido a mediados del siglo XX aunque en su totalidad ya que la antigua hospedería se ha convertido en un complejo hotelero.
La subida al santuario está marcada por cruces con números romanos, a ambos lados del camino.
